Les techniques de modification génétique peuvent présenter quelques limitations importantes, surtout lorsque l'organisme modifié est une bactérie. Nombre de protéines, en effet, pour être stables et/ou fonctionnelles doivent subir des transformations particulières de leur structure, lesquelles ne peuvent être réalisées par les bactéries. Dans ce cas, celles-ci ne peuvent pas être utilisées comme support d'expression du gène d'intérêt. Il faut avoir recours à des hôtes capables de réaliser ces modifications, à savoir les insectes et surtout les Mammifères.
Le premier danger serait la dispersion dans l'environnement d'un organisme dont on ne pourrait contrôler l'expansion et qui pourrait se révéler dangereux, après recombinaison avec des organismes normaux. Ces risques semblent minimes, mais nous n'avons aucun moyen de les évaluer dans la mesure où ils pourraient apparaître dans de très nombreuses années et se développer sur des dizaines d'années voir de siècles.
- Extinction de la biodiversité
Le second danger réside dans l'interférence entre la psychologie humaine et les progrès technologiques. Il est de nature politique, économique et écologique. L'homme occidental est ainsi fait qu'il accorde à la productivité, aux progrès techniques et à l'argent une place exagérée. On peut imaginer qu'un éleveur de vaches décide d'élever des animaux génétiquement modifiés pour tirer double bénéfice de la vente de la viande au public et de celle du lait riche en protéine d'intérêt à l'industrie pharmaceutique, à un prix nettement supérieur au prix du lait normal et sans contingentement de production. Il abandonne alors l'élevage d'une race locale ou régionale et celle-ci disparaît. Cela se traduirait par l'appauvrissement ou la disparition de la biodiversité.
A supposer que l'élevage de ces animaux modifiés soit réglementé, ce qui est fort probable, nul ne peut empêcher un éleveur de mettre son savoir faire au service de l'industrie pharmaceutique qui se lance dans la production de médicament par cette méthode : le résultat est le même, à une échéance simplement retardée. Ce type de situation se rencontre aujourd'hui dans la production des fruits et des légumes. On ne trouve plus sur le marché que 5 ou 6 variétés de pommes, provenant de variétés très productives mais souvent forcées, et qui sont le plus souvent dépourvues de saveur. Des centaines de variétés locales ou régionales ont quasiment disparu et ne subsistent plus qu'à l'état de quelques plants dans les conservatoires horticoles. L'appauvrissement de la biodiversité sous la pression de la cupidité n'est donc pas à exclure.
Il s'agit d'un danger moral et philosophique. Il consisterait à instrumentaliser le monde vivant, à le considérer comme une marchandise potentielle ou réelle et seulement comme une marchandise. Une telle vision aboutirait à rompre l'accord de l'homme avec son environnement, accord dont l'histoire de l'humanité nous dit qu'il est recherché depuis la nuit des temps par toutes les nations de la terre. L'homme ainsi serait coupé de ce qui le nourrit d'une substance symbolique mais essentielle et donne du sens à sa vie en lui permettant de se situer.